Gli Asburgo-Este, più comunemente noti come Austro-Estensi, si innestarono per quanto possibile nella vecchia tradizione dei loro predecessori, della quale perpetuarono il particolare stile di governo, che comunque differì dal punto di vista strutturale, sia per l'inevitabile diversità degli ordinamenti politico-amministrativi, sia per la minore rilevanza che vi ebbe la componente familiare.
Con il piano di governo del 28 agosto 1814 - divenuto operante a tutti gli effetti con il 1° ottobre successivo, data in cui vennero definitivamente soppresse le residue strutture del periodo napoleonico - il Ducato austro-estense venne suddiviso in tre province: Modena, Reggio, Garfagnana (con capoluogo Castelnuovo), cui nel 1816 si aggiunse una delegazione governativa per la Lunigiana estense (con capoluogo Fosdinovo). A capo di ogni provincia vi era un governo, retto da un governatore, e relativi uffici. I governi, i cui compiti vennero fissati con circolare del governatore di Modena 29 sett. 1814, non facevano capo ad alcun ministero, ma rispondevano direttamente al principe. Essi avevano amplissimi poteri soprattutto in materia di controllo dei comuni - l'organizzazione e distrettuazione dei quali, pur mutando a più riprese in seguito, rimase fondamentalmente quella fissata con decreto ducale 29 dic. 1815 - nonché sulle istituzioni pie e di beneficenza; avevano anche importanti attribuzioni in fatto di lavori pubblici e di polizia, queste ultime di particolare rilievo fino al 1831, quando, non essendo ancora stato creato il Ministero di buongoverno, gli organi provinciali di polizia dipendevano a tutti gli effetti dai governatori, in particolare nel governo di Modena, al quale faceva praticamente capo il servizio di polizia per tutto lo Stato. Nel 1832 venne ripristinata l'antica provincia del Frignano (con capoluogo Pavullo) con una delegazione governativa dipendente dal governo di Modena. Nel 1836 il Ducato di Massa, aggregato dapprima come tale nel 1829, fu ridotto a sua volta in provincia con un normale governo e assorbì, nel 1839, la delegazione governativa della Lunigiana. Così da quest'ultima data al 1848 il quadro delle province risultò il seguente: Modena con una delegazione governativa per il Frignano; Reggio; Massa e Carrara e Lunigiana; Garfagnana.
Con il decreto 11 ago 1848 furono soppressi i governi e istituite al loro posto tante delegazioni ministeriali dell'interno - o delegazioni provinciali del Ministero dell'interno - quante erano le province, il cui quadro fu così ristrutturato: Modena; Reggio; Massa con la Lunigiana; Garfagnana; Frignano (staccato da Modena); Guastalla (territorio di recente acquisto); dal 1853 al 1856 ebbe altresì vita una vicedelegazione a Fivizzano. Le delegazioni ministeriali, o provinciali, avevano di fatto le medesime competenze amministrative dei precedenti governi, accresciute da attribuzioni nuove in materia di pubblica istruzione, anche se politicamente erano meno importanti poiché non operavano più in proprio, ma come organi decentrati del Ministero dell'interno, istituito insieme ad esse e dal quale dipendevano, per tramite dell'Ufficio centrale del censo, le campionerie del censo su base distrettuale per i rilievi censuari e catastali.
Quanto all'organizzazione periferica della polizia, si ebbero fino al 1831 una Direzione provinciale di polizia in Modena, un Ufficio di buongoverno con competenza provinciale in Reggio ed una Commissione governativa alle carceri in Garfagnana; per la provincia di Modena esistevano inoltre, dipendenti essi pure dal governo, un Commissariato di polizia comunale in Modena stessa e alcuni viceispettorati locali (altrove sembra che le competenze subprovinciali fossero di spettanza dei comuni). Dal 1831 al 1848, costituitosi il Ministero di buongoverno, si trovano alle sue dirette dipendenze tre direzioni provinciali di polizia con relative organizzazioni di delegati, ispettori e commissari: una a Modena, una a Reggio, una a Massa, oltre al Commissariato di polizia comunale nella capitale. Verso la fine del periodo si nota, peraltro, una certa fluidità di denominazioni e di competenze tanto che, ad un certo punto, le direzioni di Reggio e di Massa tornarono a far parte dei rispettivi governi. Più capillarmente articolata appare, invece, la situazione a seguito delle riforme del 1848: sempre dipendenti dal Ministero di buongoverno, fino al 1852, c'erano tre assessorati provinciali di polizia, uno a Modena, uno a Reggio, uno per le province d'Oltreappennino, una Delegazione provinciale politica a Guastalla, il Commissariato di Modena e numerose delegazioni politiche nelle principali località dello Stato; dal 1853 al 1859 di nuovo tre direzioni provinciali di polizia, di Modena, di Reggio e Guastalla, e di Massa, Carrara e Lunigiana, cui si aggiungevano commissariati locali di prima e seconda classe.
Organi periferici, infine, del Ministero delle finanze erano: fino al 1835 una Intendenza di finanza per le province di Modena, Garfagnana e Lunigiana, e una per la provincia di Reggio; dal 1836 al 1848, una Intendenza di finanza per le province di Modena e Garfagnana e una per la provincia di Reggio, più una Delegazione di finanza per il Ducato di Massa (poi provincia di Massa e Carrara); dal 1849 in poi, una Intendenza di finanza di Modena, una di Reggio, e una di Massa. Da ogni intendenza dipendevano, tra l'altro, uno o più uffici delle ipoteche, tasse, successioni e contratti, detti poi uffici del registro.
L'amministrazione della giustizia, dopo che era stato richiamato in vigore il Codice estense del 1771, fu affidata da Francesco IV, con ducali decreti 28 ago 1814 e 4 lug. 1815 alle seguenti magistrature: a) trenta giusdicenze con sede e circoscrizione corrispondenti a quelle delle giudicature di pace dell'ultimo periodo napoleonico; b) due tribunali di giustizia, uno a Modena e uno a Reggio (un terzo a Castelnuovo di Garfagnana venne poi subito soppresso nel 1817) con competenza di prima istanza rispettivamente nelle province di Modena e Garfagnana e in quelle di Reggio e Lunigiana, e competenza di appello contro le sentenze dei giusdicenti della propria circoscrizione nonché, reciprocamente, ciascuno su quelle di prima istanza emesse dall'altro tribunale; c) un Supremo consiglio di giustizia residente in Modena, con competenze di revisione (cassazione) nonché di controllo sulle magistrature giudiziarie in tutto lo stato. Presso le magistrature sub b) risiedeva un procuratore fiscale, presso quella sub c) un avvocato generale. Le giusdicenze maggiori avevano sotto di sé una o più vicegerenze locali; a Modena e a Reggio erano rette ciascuna da due giusdicenti, uno per il civile e uno per il criminale, e dal 1819 furono affiancate da un Ufficio di conciliazione. È del 14 marzo 1821, invece, il provvedimento ducale che prevede la costituzione ad hoc di tribunali "statari" nei casi di ribellione, alto tradimento e lesa maestà. Inoltre, con decreto ducale 20 dic. 1827, i due tribunali di giustizia di Modena e di Reggio vennero articolati ciascuno in due sezioni, una di prima istanza e una di appello, col che cessò la competenza di appello contro le reciproche sentenze di prima istanza. Fu inoltre attribuito al presidente del Supremo consiglio di giustizia il titolo di consigliere intimo per gli affari di giustizia e di grazia, con alcune di quelle competenze in materia di concessioni speciali e di regolamentazione e vigilanza sull'intero assetto giudiziario che furono poi prerogativa del nuovo apposito ministero. In seguito all'annessione del Ducato di Massa nel 1829, vi si mantenne dapprima l'ordinamento preesistente, che consisteva in un Supremo tribunale di giustizia, in un Tribunale di appello e in due tribunali di prima istanza rispettivamente a Massa e a Carrara, poi si soppresse nel 1833 il Supremo tribunale di giustizia, demandando la revisione, anche per quei territori, al Supremo consiglio di giustizia in Modena, che tenne a Massa fino al 1836 un consigliere delegato. L'istituzione con il decreto 11 ago. 1848 del Ministero per gli affari di giustizia, grazia ed ecclesiastici non portò mutamenti di rilievo nell'ordinamento. Ultima e radicale riforma fu quella sancita dal decreto 27 ago 1852, a seguito della promulgazione del nuovo codice civile, che stabilì: a) sedici giusdicenze di prima classe, sei di seconda e sei di terza; b) tre tribunali di prima istanza, uno a Modena, uno a Reggio e uno a Carrara, con competenza per tutti i territori Oltrappennino; c) due tribunali di appello, uno a Reggio e uno a Massa, con competenza rispettivamente per le province a nord e a sud del crinale appenninico; d) un Supremo tribunale di revisione residente in Modena, con competenza per tutto lo stato. Inoltre, l'avvocato generale cambiò il proprio nome in procuratore generale, e i procuratori fiscali in procuratori ducali.
Va rilevato che, con chirografo 14 giu. 1828, era stato definitivamente soppresso l'antico istituto dei notai attuari, probabilmente non cessato di fatto nel periodo napoleonico, le cui funzioni vennero integralmente assunte dalle cancellerie giudiziarie.