Dal 1859 fino alla prima guerra mondiale si erano avuti, oltre al tribunale supremo, dodici tribunali militari, ciascuno dei quali presso un comando di corpo d'armata, e quattro tribunali militari marittimi, presso altrettanti dipartimenti. Esigenze proprie del periodo bellico determinarono la costituzione: di tribunali di guerra in zona territoriale; di corpo d'armata mobilitato; d'armata, d'indipendenza o di tappa; marittimi; di piazzaforte e infine all'estero, per un totale di oltre cento unità. Allo svolgimento delle attività di tali organi giurisdizionali concorrevano, con il personale della Giustizia militare, militarizzato nel 1916, magistrati ordinari con assimilazione di grado militare e ufficiali laureati in legge. Nel 1918, il personale della Giustizia militare, diviso nelle categorie del servizio attivo permanente e di complemento, entrò a far parte dell'esercito; la figura del segretario estensore fu sostituita, nel collegio giudicante, da un giudice relatore, magistrato militare, con voto deliberativo.
Nel 1923, il numero dei tribunali militari tornò ad essere quello di dodici anteriore alla guerra; il personale della Giustizia militare cessò di far parte dell'esercito; venne istituito il ruolo dei cancellieri militari. Nel 1931, la presidenza dei tribunali militari territoriali venne affidata ad un ufficiale generale di brigata. Nello stesso anno nacque la figura del consigliere relatore del tribunale supremo militare per sostituire, in quel supremo collegio, il consigliere di Stato.
In base al r.d. 1022/1941 furono confermati i dodici tribunali militari territoriali presso i comandi di corpo d'armata o presso i comandi corrispondenti delle altre forze armate dello Stato; avevano sede a Torino, Milano, Bologna, Verona, Trieste, Roma, Napoli, Palermo, Cagliari, La Spezia, Taranto e Zara (art. 7). Presso ogni tribunale (art. 3) erano attivi: un ufficio di presidenza, composto dal presidente e da uno o più ufficiali addetti (art. 23); un ufficio pubblico ministero, composto dal procuratore militare e da uno o più vice procuratori militari e sostituti, appartenenti alla magistratura militare (art. 24); un ufficio d'istruzione, composto da uno o più giudici istruttori, appartenenti alla magistratura militare (art. 25); un ufficio di cancelleria composto da cancellieri, appartenenti al personale della giustizia militare (art. 26). I tribunali erano composti da un presidente e da giudici nominati con decreto (art. 9). In particolare: un presidente, avente grado di generale di brigata, o grado corrispondente delle altre forze armate dello Stato; uno o più giudici relatori, appartenenti alla magistratura militare; ventidue giudici, di cui sedici ufficiali superiori e sei capitani (art. 8). Il Tribunale territoriale giudicava con l'intervento del presidente, di un giudice relatore, di tre giudici militari; i giudici erano designati dal presidente del tribunale (art. 14). Dal presidente, capo del collegio giudicante, dipendevano i giudici militari, per le loro funzioni giudiziarie, e il personale militare addetto all'ufficio di presidenza. Il procuratore generale militare, invece, era capo del pubblico ministero militare e da lui dipendeva il personale della magistratura militare, delle cancellerie giudiziarie militari e degli uffici della procura generale militare. Il procuratore militare presso ciascun tribunale militare aveva la sorveglianza del personale degli uffici del tribunale (art. 50). Davanti ai Tribunali militari territoriali, i difensori potevano essere scelti fra gli ufficiali inferiori in servizio, residenti nel luogo sede di un tribunale (art. 53).
Il d.p.r. 14 feb. 1964, n. 199 (emanato per delega concessa al governo con l. 12 dic. 1962, n. 1862) all'art. 1, stabilì che i Tribunali militari territoriali fossero ridotti ad otto con sede a Torino, Verona, Padova, La Spezia, Roma, Napoli, Bari e Palermo, sopprimendo le sedi di Milano, Firenze, Bologna e Taranto (art. 2). L'art. 4 stabilì in particolare che le competenze del Tribunale di Milano fossero assorbite da quello di Torino; del Tribunale di Firenze e Bologna da quello di La Spezia; del Tribunale di Taranto da quello di Bari. Una sezione autonoma del Tribunale militare territoriale di Roma fu fissata a Cagliari.
Ai sensi della l. 24 dic. 2007, n. 244 (art. 2, comma 603 e ss), l'organizzazione della magistratura militare italiana è stata ulteriormente modificata. I tribunali militari territoriali sono stati ridotti a tre, con sede a Verona, Roma e Napoli: il Tribunale militare e la Procura militare di Verona con competenza territoriale relativa alle regioni Valle d'Aosta, Piemonte, Liguria, Lombardia, Trentino-Alto Adige, Veneto, Friuli-Venezia Giulia, Emilia-Romagna; il Tribunale militare e la Procura militare di Roma con competenza territoriale relativa alle regioni Toscana, Umbria, Marche, Lazio, Abruzzo e Sardegna; il Tribunale militare e la Procura militare di Napoli con competenza territoriale relativa alle regioni Molise, Campania, Puglia, Basilicata, Calabria e Sicilia. Sono rimaste inoltre in funzione una Corte militare di appello, a Roma, unica per tutto il territorio nazionale e un Tribunale militare di sorveglianza, con competenza unica su tutto il territorio nazionale e con sede a Roma.
In base a questa legge, sono stati soppressi in tempo di pace numerosi organi giudiziari militari, quali tribunali militari di bordo, tribunali militari presso forze armate concentrate, o presso corpi di spedizione all'estero; il Tribunale supremo militare, le cui funzioni sono state delegate alla Corte suprema di Cassazione.
Le circoscrizioni giudiziarie, i tribunali e la loro composizione e le aree territoriali di giurisdizione sono state successivamente disciplinate dal I libro, II titolo, capo VI del d.lgs 15 mar. 2010, n. 66 ("Codice dell'ordinamento militare").
Per l'art. 103 della Costituzione i tribunali militari in tempo di guerra hanno la giurisdizione stabilita dalla legge. In tempo di pace hanno giurisdizione soltanto per i reati militari commessi da appartenenti alle Forze armate.