Rappresentante della Dominante era il Podestà, eletto da Firenze, il cui compito era quello di garantire la perfetta osservanza degli statuti esercitando un'attenta sorveglianza sull'attività di tutte le magistrature. Rimaneva in carica sei mesi ed era coadiuvato da una "famiglia" composta da un giudice, 2 cavalieri, 2 notai, 3 donzelli, 25 fanti e 3 cavalli. Oltre a ciò il Podestà - spesso senza averne la preparazione - rappresentava l'autorità giudiziaria ordinaria del Comune tanto nel civile che nel penale (dove aveva non solo funzioni giudicanti, ma anche quelle della pubblica accusa e dell'istruzione del processo): contro le sue sentenze era ammesso appello ai Giudici delle appellagioni di Firenze, ma solo per cause superiori al valore di 50 lire. Alla fine del suo mandato il Podestà veniva sottoposto a "sindacato" da parte di quattro cittadini pratesi di età superiore ai 35 anni.
Al vertice delle magistrature comunali erano i Difensori e il Gonfaloniere di giustizia comunemente indicati come gli "Otto", assistiti e coadiuvati da Dodici consiglieri e dai Capitani di parte, la cui carica durava rispettivamente tre e quattro mesi. La durata della carica degli Otto era bimestrale e l'età minima per essere eletti era di venticinque anni per i Difensori e di trentacinque per il Gonfaloniere. Funzioni e compiti degli Otto erano strettamente regolati dagli Statuti. Vi erano poi due Consigli, un Consiglio generale, che aveva piena autorità di deliberare su ogni materia politico amministrativa (fermo restando che il potere di iniziativa spettava esclusivamente agli Otto e ai Dodici consiglieri e Capitani di parte) ed era costituito da 72 membri (in seguito scesi a sessanta), diciotto per quartiere. Il Consiglio del popolo e rettori delle arti era composto dai rettori delle associazioni artigiane della città, con una distribuzione rapportata all'importanza delle arti stesse: l'arte della lana, con quattro esponenti, era la più rappresentata. Fra gli uffici minori, tutti a carattere esecutivo, ricordiamo i Tassatori delle entrate e delle spese pubbliche, gli Ufficiali annonari, i Cancellieri delle riformagioni, i Notai del Comune e della Camera, il Camarlingo generale. Anche la direzione degli enti di beneficenza cittadini rientrava nella sfera delle competenze dell'amministrazione comunale.
In ambito giudiziario, oltre alle competenze del Podestà, ampi settori del diritto civile erano di competenza di ufficiali e organi della Comunità. In primo luogo il così detto "danno dato", ovvero tutta la giurisdizione relativa alla difesa della proprietà privata, alla regolamentazione degli usi civici e allo sfruttamento delle terre collettive. A tale settore era preposto un notaio pratese, detto appunto "notaio del danno dato", nominato per tratta. Per le cause civili di lieve entità era previsto un altro notaio, detto "del banco civile", la cui importanza andò crescendo nei secc. XVI e XVII. Infine era di competenza del Comune la regolamentazione di fiere e mercati dei prezzi e del commercio minuto, la cura delle acque e delle strade, il traffico, le feste e altro ancora.
Nel XV secolo Prato divenne sede di Podesteria "maggiore", la cui giurisdizione comprendeva le podesterie di Carmignano (con Poggio a Caiano) e di Campi (con Montemurlo). A seguito della riforma amministrativa voluta dal granduca Pietro Leopoldo alla fine del XVIII secolo, Prato divenne sede di una Comunità.