Il Commissario, come chiariva il gen. Basso in una nota inviata ai prefetti sardi nel mese di maggio, esercitava poteri su delega specifica del Comando militare e pertanto le disposizioni da lui impartite dovevano intendersi emanate in « [suo] nome e su [suo] ordine». Il primo commissario fu il prefetto Pietro Bruno che, nel corso del suo mandato, dalla sede di Ozieri dove ebbe sede il Commissariato civile, si adoperò soprattutto per cercare di assicurare gli approvvigionamenti alimentari alla popolazione; adottò, infatti, una serie di misure mirate alla protezione dei raccolti, a realizzare l'ammasso del grano e degli altri generi di prima necessità. Molto impegno dedicò anche alla risoluzione dei problemi legati alla precarietà dei trasporti, alla carenza di energia elettrica e all'ordine pubblico che andava progressivamente aggravandosi per le azioni di sabotaggio e le frequenti manifestazioni di protesta favorite dalla ripresa dell'attività politica. L'azione del prefetto Bruno fu, tuttavia, di breve durata: il 2 settembre col parere favorevole del Comando supremo e del Ministero della guerra, il generale Antonio Basso assunse anche i poteri civili e, dopo l'armistizio, la completa responsabilità del governo dell'isola. In una relazione del 16 ottobre 1943 trasmessa al capo del governo Pietro Badoglio, il generale Basso faceva il punto della situazione riferendo sui gravi problemi che aveva dovuto fronteggiare con fermezza, tra cui l'annosa carenza di generi alimentari e di vestiario, la scarsa circolazione di moneta, la ripresa delle attività industriali, estrattive e degli istituti di credito, nonché le questioni legate alla, ricostruzione della città di Cagliari, gravemente danneggiata dai bombardamenti di febbraio e di maggio, e alla situazione politica.
Il 22 ottobre il generale Basso lasciò la Sardegna con destinazione Campania. Pochi giorni dopo, il 30 dello stesso mese, il Comando delle forze armate in Sardegna fu soppresso ed assunse le funzioni di Comando Militare della Sardegna il VII° Corpo d'armata con a capo il generale Giovanni Magli a cui venne anche affidato l'esercizio dei poteri civili per tutta l'isola. Unica eccezione veniva fatta per la piazza marittima de La Maddalena amministrata direttamente dal comandante di quella piazza.
Dalla documentazione prodotta dall'Ufficio del Commissario straordinario per gli affari civili e dal Comando Militare della Sardegna, costituita per lo più da ordinanze, provvedimenti per la tutela dell'ordine pubblico e per gli approvvigionamenti alimentari, dalle disposizioni emanate per requisire locali da destinare ad uffici e a civili abitazioni, nonché dai verbali di riunioni e relazioni inviate al capo del governo e ai responsabili dei ministeri, traspare l'esigenza di conseguire una unità di indirizzo politico e amministrativo ed un coordinamento più efficace ed efficiente tra le strutture periferiche e quelle del governo centrale.
Il 27 gennaio 1944, proprio per rispondere a queste istanze, con r.d.l. n. 21 fu istituito (art.1) «con carattere temporaneo» l'Alto Commissariato per la Sardegna a cui venne affidato l'incarico: a) di sovrintendere e dirigere nel territorio dell'isola tutte le amministrazioni statali, civili e militari, nonché gli enti locali, gli enti ed istituti di diritto pubblico, ed in genere tutti gli enti sottoposti a tutela o vigilanza dello Stato; b) dirigere e coordinare l'attività dei prefetti e delle dette amministrazioni per assicurare unità di indirizzo; c) esercitare, in caso di necessità, le attribuzioni del governo centrale (art.2). A ricoprire tale carica fu chiamato il generale di squadra aerea Pietro Pinna, un sardo nato a Pozzomaggiore (SS) il 12 gennaio 1891. Pinna, laureato in giurisprudenza presso l'Università di Sassari, aveva un curriculum eccellente che lo poneva al di sopra delle parti in quel particolare momento politico: aveva partecipato alla prima guerra mondiale guadagnando tre medaglie d'argento; nel 1938 come generale di brigata aerea, prese parte attiva alla II Guerra Mondiale in Africa Orientale; fatto prigioniero in Etiopia fu mandato in un campo di concentramento negli Stati Uniti, nello Stato dell'Arkansas, da dove, nel 1943 all'uscita dell'Italia dalla Guerra, organizzò dei corpi volontari dell'aeronautica per combattere a fianco degli alleati contro i tedeschi.
L'allora capo del governo Badoglio, in una lettera del 27 gennaio inviata al Prefetto di Cagliari per comunicare la nomina del Pinna, così chiariva i motivi che avevano portato all'istituzione alto commissariale: «Per venire incontro alle peculiari necessità della Sardegna, nelle attuali gravi contingenze, con r.d.l. in corso di pubblicazione viene istituito apposito Alto Commissariato con carattere di temporaneità. Il nuovo organo deve attuare, negli intendimenti del governo, un opportuno decentramento che renda più spedita e più consona alle esigenze locali la riorganizzazione su basi adeguate alla attività amministrativa, restaurando la finanza e l'assistenza pubblica, riattivando i traffici e le industrie, ponendo, per quanto è possibile, pronto riparo ai danni sofferti dagli abitati e dalle fonti stesse di produzione a causa della guerra. A tal fine vengono conferiti all'Alto Commissario ampi poteri civili e militari, i quali, peraltro, debbono intendersi esercitati per delega del governo centrale, nel cui nome l'Alto Commissario stesso sovraintende e dirige, nel territorio dell'Isola, tutte le amministrazioni statali, civili e militari, nonché gli enti locali, quelli di diritto pubblico ed, in genere, tutti gli enti ed istituti sottoposti a tutela o vigilanza dello Stato. Esso eserciterà, inoltre, tutte le attribuzioni spettanti al Ministro dei lavori pubblici nei confronti del Provveditorato delle opere pubbliche di Cagliari; promuoverà la stipulazione di eventuali convenzioni o concessioni in corso. L'Alto Commissario ha, insomma, il compito di realizzare unità di indirizzo fra tutte quante le Autorità civili e militari dell'Isola, conformemente alle direttive del governo centrale...».
Il generale Pietro Pinna assunse la carica il 10 febbraio e diffuse subito, ancor prima di riunire i prefetti delle Province e le autorità civili e militari, un proclama alle «Popolazioni di Sardegna» in cui, se da un lato ricordava che la nazione era ancora in guerra e che doveva essere liberata dai tedeschi e dall'oppressione fascista, dall'altro invitava ad una maggiore collaborazione con gli Alleati nella guerra di liberazione e a favore della democrazia. Il generale era del parere che democrazia e disciplina dovessero andare di pari passo e che pertanto il rispetto delle leggi era indispensabile per non vanificare l'opera di ricostruzione e di rinascita dell'isola.
L'alto commissario riteneva prioritaria la risoluzione di «cinque problemi fondamentali» che si dovevano affrontare e risolvere nel più breve tempo «se si voleva che la vita dell'isola cominciasse a normalizzarsi o, perlomeno, ad avviarsi verso la normalizzazione». Si trattava di: 1) far partire l'enorme massa di truppe dall'isola; 2) sgombrare Cagliari dalle macerie e ricostruire quanto più era possibile per riportare in città gli uffici e la popolazione sfollata; 3) far rientrare, al più presto, nella sede normale gli uffici pubblici; 4) far rinascere nel popolo la fiducia ed il rispetto verso le autorità civili e militari; 5) assicurare il minimo di vettovagliamento alla popolazione e colpire gli speculatori ed il mercato nero.
Un delicato compito si profilava per l'alto funzionario che doveva esercitare un'attività di coordinamento e di integrazione e talvolta di innovazione in sintonia con le norme contenute nel regio decreto istitutivo del nuovo organo. Si presentava l'occasione perché l'isola potesse entrare in un regime di autonomia amministrativa che, nel rispetto dell'unità nazionale, le consentisse di proporre ed attuare provvedimenti tesi ad avviare l'opera di ricostruzione.
L'Alto Commissariato nel marzo 1944 fu affiancato nella sua azione di governo da una Giunta Consultiva (r.d.l. 16/03/ 1944, n. 90) composta da 5 membri, espressione dei gruppi politici locali. Nel dicembre dello stesso anno ad essa subentrò la Consulta regionale (d.l.lgt. 28/12/1944, n.417, Provvedimenti regionali per la Sardegna, art. 3), costituita dapprima da 18 consultori «scelti tra i rappresentanti delle organizzazioni politiche, economiche, sindacali e competenti ed esperti» e poi ampliata a 24 componenti, nominati in maniera proporzionale sulla base dei risultati ottenuti nelle elezioni politiche del 2 giugno 1946 e del 18 aprile 1948. L'attività della Consulta regionale sarda, organo consultivo ed insieme deliberativo, si svolse seguendo una duplice direzione: da una parte diede sostegno e impulso all'economia sarda, esaminando i problemi dell'isola e pronunciandosi sui provvedimenti sottoposti al suo esame, dall'altra, approfondì il dibattito politico, favorendo la ripresa dell'attività dei partiti e, soprattutto, contribuendo in maniera fondamentale all'elaborazione dello statuto dell'autonomia regionale.
L'Alto Commissariato contava su un segretario generale che coordinava tutte le attività amministrative e organizzative dell'Istituto; l'incarico fu ricoperto dal prefetto Corrado Catenacci sino alla prima metà dell'agosto '45 e poi da Stanislao Caboni sino al 1949, anno di cessazione dell'ente commissariale.
Esso era articolato nell'Ufficio di gabinetto, presieduto dapprima da Casimiro De Magistris, e poi da Efisio Zanda Loy a cui facevano capo quattro Divisioni amministrative, ognuna competente in materie specifiche.
Con l'istituzione della Regione autonoma della Sardegna, la prima riunione si tenne il 28 maggio 1949, cessò l'istituto alto commissariale e le funzioni di coordinamento e di raccordo tra il nuovo organismo regionale e il governo centrale passarono alla Rappresentanza del Governo.